美队把一个鸡生蛋蛋生鸡的问题，抛给了局长去脑洞，自己则先下班了。
下班后，美队去自己的博物馆观察粉丝动向。
然后他终于反应过来，自己还有一位前女友。
于是决定去看望她。
局长虽然在执行着“洞察计划”，但内心早有疑虑，所以他秘密让黑寡妇去拷资料，当他想要读取这个u盘的时候，却发现自己没有权限。
后来他才发现，他作为神盾局最高指挥官，授权了自己让自己不能查看文件的权力，囧。
于是尼克去找了神盾局更高阶的管理层，世界安全理事会，和曾经的好基友聊天，尼克觉得神盾局有内鬼，洞察计划要推迟。
说完之后尼克在下班路上就被阴了，这次的打斗为观众展示了，每个男人内心都想要一辆局长这样的座驾。
九死一生逃出追杀的局长，来到了值得信任的美队家中，局长告诉美队不要相信任何人，除了他自己，神盾局有内鬼，说完他就被枪杀了。
影片发展到这，类型转成了半悬疑半阴谋的风格，吊足观众胃口。
也是从这开始，影片渐渐和以往传统的超英电影风格区分开来，以往传统的超英电影，都是人物主导剧情走向。
比如前作美队，这个时间点瘦弱的美队变成了肌肉男，准备拯救世界、
而美队2则是提前把主角丢入困境，让他就算有超能力，也无从应对，让影片保持该有的写实和层次。
局长不幸在美队家中被枪杀，震惊神盾局上下，美队被请回局里喝茶。
在回神盾局前，美队把局长偷摸给他的u盘，放在了一款自动售卖机上。
美队和大内鬼经过一番客套话以后，大内鬼决定在电梯里活捉美队，结果美队鲤鱼跳龙门，从电梯跳下逃离神盾局，走的时候还顺便打了个飞机。
美队赶回医院，想去售卖机找回u盘，却意外收获友军黑寡妇。
之后两人查到了信号源发射地址，上演了一场以静制动的逃逸。
他们来到u盘上的地址，发现这是以前神盾局的老家，他们插上u盘后，系统居然是九头蛇的拉索博士。
拉索博士被唤醒以后，立刻开启反派表白模式，有问必答，把九头蛇的计划清清楚楚说个明明白白。
整个事件的经过大概就是，当年红骷髅消失后，神盾局把九头蛇的各种人才收编了，但九头蛇的这些人信仰不死，渐渐把神盾局黑化变成了九头蛇的老巢。
大内鬼就是在几十年沉浮中，坐上了最高位置，而洞察计划，内核也是九头蛇的终极武器。
一切都明朗以后，大家都知道，只要让那三艘战舰不上天就完事了。
于是美队和黑寡妇去找了那天晨跑强撩的山姆，山姆就是猎鹰，他们三人决定，把神盾局现任指挥官光头强，抓捕归案。
但中途光头强被九头蛇的人秒杀，美队他们也遭到伏击，这时冬兵男终于亮出真面目。
全片最虐的地方也就在此，冬兵就是巴基，美队心中曾经和现在的真朋友。
美队还没反应过来，就被神盾局的人抓住，在中途又被神盾的另一个女侠救下，带去见了一开始假死的局长。
于是大家开起了非正式会议，想要找到解决的办法，因为此时神盾局里，他们也不知道谁是好人谁是坏人，所以他们宁可错杀百人，也不放过一人。
最终基本全票通过，解散神盾局。
终于来到最后决战，决战的打斗，爆炸，特效当然是没话说的，但这次决战的重点，是美队和好友巴基，曾经的情谊，化成今天的你死我活。
影片的精彩之处，就是后面的反高潮处理，美队在完成毁灭战舰任务后，选择要用情谊去感化巴基。
在面对眼前唯一的挚友巴基时，他扔下盾牌，代表了放下美国队长的身份，回到最初那位瘦弱的小子。
此时的美队是孤独的。
或许从他醒来那一刻，就已经倍感孤独，但他内心背负的责任和价值，让他撑到解救世界的最后。
解救完了以后，观众也终于看到美队累了。
他在那时，或许最需要的是一个坚定互信的眼神，而能给到这个眼神的人，只有巴基。
最终，美队用真情感动了巴基，在坠河后，他被巴基救起。
另一边，黑寡妇和局长合力，把神盾局黑历史公布与众，神盾局就此瓦解。
美队2的故事编织得非常用心，影片的每一场戏都不是废戏，每一句对白，每一个主要角色的人物弧光，都能在把这部影片做出1+1gt;2的质感。
影片中把反派的养成，转成了是神盾局建立最初时就发生。
正派和反派相辅相成，蛇吃尾巴的衔尾蛇象征意义浓厚，因果报应的循环旋螺上升，最终到了一种不可收拾的地步。
影片最后的正反两派的两败俱伤，像极了今天的世界，在打倒恐怖袭击的同时，自己也在遭受着三天两头的恐怖袭击。
也正因为如此，影片在批判现实的同时，安插了美国队长这样的超级英雄，暗示着人们需要更多像美国队长这样心境的人。
而美国队长这样的人格魅力，是他真正成为超级英雄的原因。