其次则是战损设备，这场战争中，合众国海军战沉了二十多艘大小船只，三军中有四百多门火炮不适合再进行战斗，如果没有炮台愿意接受它们的话，只能回炉重炼，而打坏的燧发枪更是有六千多支，而人员损耗同样惨重，七千四百人的阵亡和一千七百人规模的重伤退役让合众国军几乎损失了一个加强旅，大规模的折损人员发生在攻城和阵地战，而野战损失率极低，而排名第一的还是各类疾病，攻打广州和深圳大营时，士兵被迫在恶劣的堑壕里吃喝拉撒，损失了很多人，特别是广州围城战，那时气温很高，疾病更是多发。
为了这场两广会战，统帅部支出的军费多达一千七百万两，当然，其中部分是盟友赊购的各类物资，在战后归还，但军费仍然在一千五百万两左右，除了所分的六百万两，合众国在潮州清理士绅也得到了三百万，但不足以改变财政赤字的现实。
先后进行了中荷战争和两广会战，统帅部军费严重超支，未来一段时间需要休养生息，各藩镇也是如此，而满清也需要时间重新组织一支可与两广盟军对战的重兵集团，接下来的两三年里，很难再有如此规模的大会战。
与上一次军事管制潮州不同，这一次，元老院正式向全国宣布，成立潮州行政长官区，为潮州本地的合法百姓提供国民身份，而这些国民在三年之后，就可以通过提请税务表的方式，申请成为公民，继而获得和其他国民一样的政治地位和法律权益，而对于不愿意加入合众国的潮州本地人，合众国在法律、税收等方面都以外国人视之。
而为此感到最兴奋的其实是合众国的这些藩镇盟友，晋藩和琼藩都是知道，合众国对国土有着严格的界定和责任划分，当初的潮州只是作为殖民地的地位存在，因此在清军大兵压境的时候可以直接放弃，但潮州成为了合众国的国土，那地位就完全不一样了，寸土必争之下，不打一仗是不可能放弃的。
而在分配完此次两广会战的收获之后，李明勋在香港召开了抗清御虏统一阵线的第一次会议，出席此次会议的都是各藩镇的藩主、将帅，而在这次会议上，李明勋对统一战线内的抗清力量进行了一轮新的裁定，被称之为整饬军务。
如今的两广盟军中，有合众国、晋藩和琼藩三大巨头，除了三大巨头之外，还有顺军、惠藩等藩镇，这些藩镇在两广也有大大小小的饷源地，大的一两个州，小的两三个县，这些小军阀利用饷源地掠夺民财，供给军队，而大藩则利用军阀顶在前线，以饷源地为分战区，各取所需，但给两广百姓造成了巨大的伤害，在某些州县，百姓不仅要承担高额税赋还要出徭役、当壮丁，甚至强征为兵，这导致了大量百姓逃亡，土地撂荒。
而李明勋的整饬军务政策就是在两广只存在琼藩和晋藩两大盟藩，其余的军阀一律上缴财政和行政权限，其军队所需的军饷物资由所处藩地的大藩提供，一应抚恤和士兵家属安置也由其负责，各军阀只负责训练士卒参加战争，不再参与其他活动。
而这只是第一步，第二步是晋藩与琼藩联合制定明军军饷待遇与征兵制度，在首先就是清理明军现有的军镇，淘汰其中的老弱病残，士兵的身高、体重、体能和技艺都必须有严格的限定，明军不再分正兵和义兵，而是把合格的士兵按照军种划分为披甲步兵、火枪兵、骑兵、炮兵和辅兵，不同兵种享受不同待遇，而想要加入骑兵、炮兵这类高军饷兵种，就要掌握其兵种所需的技艺，而辅兵的数量被严格限定，以防止各军阀鱼目混珠。
而接下来就是统一指挥权了，逐步的把军权从各藩镇军阀手中转移到两大明藩手中，提高军队的效率，降低因为战争对百姓的伤害。
所谓的整饬军务就是两广军事力量的大洗牌，让两广只存在三大军事力量，其余一律被吞并吸收，军阀们显然是不满权柄上缴的，这影响他们的利益，但在三大巨头已经取得一致，且清军已经被驱逐出两广的情况下，这些军阀也是无可奈何，而三步走的计划也是温水煮青蛙，但军阀们也不只有等待收编的一条路，李明勋为其提供了许多退路，最好的莫过于把麾下兵马全盘交出，带着亲信家人去合众国的海外领地去做富家翁。
表面上，获利最大的是琼、晋二藩，但实际上，合众国在其中也得利不少，琼藩、晋藩力量的提升可以极大增强盟军的力量，而那些小军阀的消失也可以解放出大量的人力和物力，没有他们的剥削，两广百姓将更具有消费能力，商路会更加畅通，成本会降低，这会极大的促进贸易的发展，更重要的是，这些掌握了大量财富和人口的小军阀最终会选择加入合众国，为合众国海外领地的发展带去财富和人丁。
不光是这些小军阀被整饬，其实两大明藩也要进行改革，其中最重要的就是精兵简政，两藩之中都存在大量的义兵和民兵，两广会战已经证明，这类军队在真正的战斗中根本毫无用处，只有职业兵才能胜任危险的作战任务，而后勤等方面，专业的运输兵配合招募来的民夫则更有效率，必须大量削减这些士兵数量，才能降低两广百姓的负担。
而另一方